Kegiatan ekstrakurikuler merupakan kegiatan di luar jam sekolah yang bertujuan untuk mengembangkan minat dan bakat yang dimiliki oleh peserta didik SD Maarif Jogosari Pandaan. Ada 14 kegiatan ektrakurikuler di SD Maarif Jogosari Pandaan:
- Pagar Nusa
- Pramuka
- Tiwisada
- Drumband
- Futsal
- Hadrah Al-Banjari
- Karate
- Samrah
- Tahsinul Khot/Kaligrafi
- Tilawatil Qur’an/Qiroah
- Tahfidzul Qur’an
- Menggambar
- Panahan
- Tari